كما دعا المؤتمر الى ضرورة "نبذ الخلافات خاصة الطائفيةَ والمذهبيةَ التي ترمي الى شق الصف الإسلامي".

وحذر المؤتمر من "خطورة الوسائل التي يستخدمها اعداء الامة من اجل اضعافها والهيمنة عليها في مقدمتها الفتنة الطائفية و توظيف الانتماءات المذهبية". 

ونبه المؤتمر، الى ضرورة ان "يتحمل المسلمون وعلماء الدين المسؤولية لمواجهة كل المخططات والتركيز على المشتركات التي تجمع بين ابناء الامة الاسلامية".