وتقول الصديق قال فوثب وثبة واستقبل القبلة ثم قال نعم الصديق نعم الصديق نعم الصديق فمن لم يقل له الصديق فلا صدق الله له قولا في الدنيا ولا في الآخرة .
وعن عمرو بن شمر عن جابر قال قال لي محمد بن علي يا جابر بلغني أن قوما بالعراق يزعمون أنهم يحبونا وينالون أبا بكر وعمرو ويزعمون أني أمرتهم بذلك فأبلغهم أني إلى الله منهم برىء والذي نفس محمد بيده لو وليت لتقربت إلى الله عز وجل بدمائهم لا نالتني شفاعة محمد إن لم أكن أستغفر لهما وأترحم عليهما إن أعداء الله لغافلون عنهما .
وعن أفلح مولى محمد بن علي قال خرجت مع محمد بن علي حاجا فلما دخل المسجد نظر إلى البيت فبكى حتى علا صوته فقلت بأبي أنت وأمي إن الناس ينظرون إليك فلو رفقت بصوتك قليلا قال ويحك يا أفلح ولم لا أبكي لعل الله ينظر إلى منه برحمة فأفوز بها عنده غدا قال ثم طاف بالبيت ثم جاء حتى ركع عند المقام فرفع رأسه من سجوده فإذا موضع سجوده مبتل من دموع عينيه .
وعن خالد بن دينار عن أبي جعفر أنه كان إذا ضحك قال اللهم لا تمقتني .
وعن عبد الله بن عطاء قال ما رأيت العلماء عند أحد أصغر منهم علما عند أبي جعفر محمد بن علي لقد رأيت الحكم عنده كأنه متعلم