ولقد آلف الشيخ شلتوت كتابا في مقارنة المذاهب الفقهية([53]). بالاشتراك مع الأستاذ محمد علي السايس ونهج فيه المنهج المقارن يأتي فيه بالقضية الفقهية من وجهة نظر كل مذهب ثم يرجح المذهب الذي يناسب ظروف العصر مؤيدا بالأدلة والبراهين. ولذلك فهو كان من أوائل الذين اهتموا بتجديد الفقه بحيث يلائم العصر والبيئة حتى ينتفع الناس به ثائرا على التعصب والجمود وكان من آثار هذا المنهج أنه أفتى بجواز التعبد بالمذاهب الإسلامية الصحيحة السنية والشيعية([54]). (ب) منهجه وأفكاره في التفسير الشيخ شلتوت أمام عالم فسر القرآن الكريم فجلى هدايات القرآن في جوانب الحياة المختلفة وأظهر كثيرا من نواحي الإعجاز البياني والتشريعي والعقدي والأخلاقي وذلك في تبصر ووعي وأدراك لثقافة العصر وقضاياه المتجددة. وهو في تفسيره يؤكد حقيقة هذا الدين وهو أنه الدين الذي رضيه الله للبشرية دينا خاتما أرسل به خاتم أنبيائه ورسله محمدا صلى الله عليه وآله وسلم، وأنه الدين العام الخالد إلى أن يرث الله الأرض ومن عليها وهو خير الوارثين إذا استقامت البشرية على – منهجه تحقق لها التقدم والرقى والسعادة والأمن والاستقرار، فهو الدين الذي يصلح به كل زمان – ومكان لأنه يلبى حاجة العقل والقلب والجسد والروح (فطرة الله التي فطر الناس عليها) آية 30 من سورة الروم. وهو الصراط المستقيم (صراط الله الذي له ما في السماوات وما في الأرض) الآية الأخيرة من سورة الشورى وقد أدرك الشيخ شلتوت بوعيه الثاقب أن المسلم لا يمكن أن يعيش بعيدا عن حقائق العصر ومتغيرات الحياة ومتطلباتها فربط التفسير بالواقع وحارب الجمود والتقليد وقضى على ركود العقل واستغلال الدين لمصلحة فئة من الناس ودعا إلى الائتلاف والوحدة([55]). وكانت الطريقة المألوفة في التفسير هي أن يسير المفسر مع آيات الذكر الحكيم آية بعد