في عصره فقد قال في الكلمة التي ألقاها في مؤتمر الملحقين الثقافيين التي يطالب فيها بإعادة النظر في مناهج الأزهر: (إن هذا الذي نريده للأزهر هو في واقعة انقلاب ولكنه انقلاب محبب إلى النفوس الغيورة على ماضيها المتطلعة إلى مستقبلها، انقلاب يصل بالعقلية الأزهرية إلى الفكر الأصيل وهو في الوقت نفسه يربط العقلية الأزهرية أو الفكرة الإسلامية الصحيحة بالحياة الواقعية التي يعيش العالم فيها اليوم). ثانيا: منهجه وأفكاره في الفقه والتفسير وعلم الكلام (أ) منهجه وأفكاره في الفقه تأثر الشيخ شلتوت بمنهج أستاذه الشيخ المراغي عندما كتب مذكرته في شؤون الأسرة وأوضح فيها آراء الفقهاء في شتى المذاهب الفقهية لكبار الفقهاء في الإسلام دون التقيد أو التعصب لمذهب أو لرأي معين. كما تأثر بمذكرة الشيخ المراغي لإصلاح الأزهر يقول فيها: (يجب أن يدرس الفقه الإسلامي دراسة حره خاليه من التعصب لمذهب، وأن تدرس قواعده مرتبطة بأصولها من الأدلة وأن تكون الغاية من هذه الدراسة عدم المساس بالأحكام المنصوص عليها في الكتاب والسنة المجمع عليها والنظر في الأحكام الاجتهادية لجعلها ملائمة للعصور والأمكنة والعرف وأمزاجه الأمم المختلفة كما يفعل السلف من الفقهاء). تأثر الشيخ شلتوت بهذا المنهج المقارن ورأى ضرورة إصلاح الفقه وتجديده ليوافق ظروف الزمان والمكان ولإيمانه بذلك لم يغفل الشيخ شلتوت قضية فقهيه من قضايا عصره دون أن يصدر رأيه فيها فكان مصدر الفتوى في كثير من شؤون الفقه ومسائله يزاحم أساتذته الكبار مزاحمة ناهضة مشرئبة إلى الاجتهاد حتى زاملهم مزاملة الكفء للكفء وصار ينتظر رأيه الفقهي فيما يختلف فيه المتجادلون فإذا تصدر للحكم فالرأي المؤيد بالدليل والإفتاء المستند إلى الترجيح الصحيح([52]).