عندما عاد سيّدنا البروجردي إلى وطنه قوبل بحفاوة وترحيب حار من قبل أهلها. وامتلأت الآفاق بالحديث عن علمه ونبوغه. وكان كلّ واحد من أعضاء السلالة الطباطبائية يوليه عناية خاصة. بيد أن الحسد والتحسس من قبل المنافسين في المدينة أفضى به إلى الانعزال حتى فكر بالرجوع إلى النجف، بيد أن والده ـ الذي كان يعقد عليه الأمل، وكان يود أن يكون إلى جانبه في اللحظات الأخيرة من عمره ـ ودّع الحياة، فثقل كاهله بأعباء إدارة شؤون العائلة. بعد أيام، وافته رسالة تعزية من أستاذه، وهي تعبر عن شوقه البالغ للقاء تلميذه، ولكن كما نعلم فإن الآخوند توفي في نفس السنة أي سنة 1329 هـ. فتأثر سيّدنا البروجردي كثيراً حيث كان يقول بأن وفاة أبوين خلال ستة أشهر، مع متاعب الحياة المتنوعة، أمور ثقيلة شاقة لا تهون. وعلى خلاف رغبته الباطنية، اضطر إلى الاقامة في بروجرد حيث استغرقت زهاء ثلاثين سنة. بيد أنه استطاع خلال تلك الفترة ان يضع حجر الأساس للحوزة العلمية في بروجرد، ويوطّد دعائمها وأركانها مما أفضى ذلك إلى انشغاله وانهماكه. وكان يصمد أمام تقلبات الدهر، والأحداث المتتابعة، والعراقيل التي كان يفتعلها الناس أو المسؤولون الحكوميون وإنّ أحد مراجع التقليد المحليين أرجع الناس إليه في التقليد فحاز على منصب المرجعية وهو في بروجرد. وفي تلك الفترة، مرّ بصدمة عنيفة بسبب وفاة بنته الوحيدة وهي شابة.