في عام 640هجرية، وقد رمّمه الصالح ووسّعه، وألحق به ساقيةً وميضأةً[114]، ووقف عليه أراضي. وظلّت العناية بالمشهد الحسيني أيام المماليك، فالظاهر بيبرس[115] حين بيعت قطعة أرض بجانب المشهد من حقوق الفاطمي، ردّ ثمنها وهو 6 آلاف درهم ووقفها على الجامع. ثم إنّ الناصر محمد قلاوون[116] وسّع المسجد عام 684هجرية. وفي العصر العثماني تم توسيع المسجد نظراً للإقبال الشديد عليه من جماهير مصر المؤمنة، وصنعت له مقصورة من أبنوس مطعَّم بالصدف، عليه ستر من الحرير المزركش، ونقلت إلى المشهد الحسيني في احتفال كبير وصفه الجبرتي بأنّها حملت وأمامها طائفة الرفاعية والصوفية بطبولهم وأعلامهم، وبأيديهم المباخر الفضية وبخور العود والعنبر، وبأيديهم قماقم ماء الورد يرشّونه على الناس.