ولحبّه الشديد لزوجته رثاها بجملة قصائد ذكرها الجبرتي. وقد مات السيد مرتضى بالطاعون، ودفن في القبر الذي أعدّه لنفسه بجوار زوجته بمشهد السيدة رقيّة[490]. وقد عدّد علي باشا مبارك مؤلّفات الشيخ مرتضى، فذكر منها الكثير، فبجانب شرح القاموس، وشرح الإحياء له كتب أخرى منها: كتاب الجواهر المنيفة في أصول أدلّة مذهب الإمام أبي حنيفة (رضي الله عنه)، وله أيضاً: كتاب العقد الثمين في طريق الإلباس والتلقين، وحكمة الإشراق إلى كتاب الآفاق، وإعلام الأعلام بمناسك حجّ بيت الله الحرام، ورشف سلاف الرحيق في نسب حضرة الصديق، والقول المثبوت في تحقيق لفظ التابوت، ومنح الفيوضات الوفية فيما في سورة الرحمن ومن أسرار الصفة الإلهية، وترويح القلوب بذكر ملوك بني أيّوب، وكثير من الكتب والمؤلّفات ذكرها الشيخ الجبرتي[491]، ولا نستطيع حصرها في هذه السطور. مشهد عاتكة والجعفري وأخيراً نأتي إلى مشهدين: للسيدة عاتكة، وللسيد علي الجعفري. فبالنسبة للسيدة عاتكة فالعامة يقولون: إنّها السيدة عاتكة عمّة الرسول (صلى الله عليه وآله). ولكنّ الحقيقة أنّ القبر والقبّة هما للسيدة عاتكة بنت شرحبيل، زوجة محمد بن أبي بكر، كان من المتشيّعين لعلي كرّم الله وجهه، وله موقف ضدّ الأمويّين. وقد ولد محمد بن أبي بكر في سنة حجّة الوداع. ولموقف محمد بن أبي بكر من الأمويّين، ووقوفه ضدّهم بعد التحكيم معروف، وبعد قتل الإمام علي رحل إلى مصر، خاصّةً وأنّ مصر كانت تلعب دوراً خطيراً في سياسة دولة الإسلام منذ أن دخلت الإسلام. وثابت أنّ السيدة عاتكة كانت مع زوجها محمد بن أبي بكر في مصر، وأنّها دفنت فيها،