يقول الجبرتي ـ إلى إعادة الميضأة القديمة كما كانت، وجعل الحديثة مربطاً للحمير! يستغلّ أجرته بعد أن أزال أثرها. ولمّا قدم السلطان عبدالعزيز 1279 هـ وزار المقام الحسيني الشريف، أمر الخديوي إسماعيل بعمارته وتشييده على أتمّ شكل وأحسن نظام، وقد استغرقت هذه العملية عشر سنوات; إذ تمّت سنة 1290 هـ . وقد أسهب علي مبارك في خططه في وصف الإنشاءات التي قام بها الخديوي إسماعيل، ولم يذكر أنّها تنفيذ لأمر السلطان عبدالعزيز، فقد قال: «وفرش بالفرش النفيسة، وتنويره بالشموع والزيوت الطيّبة والأنفاس الغازية في قناديل البلور، ورتّبوا له فوق الكفاية من الأئمة والمؤذّنين والمبلّغين والبوّابين والفرّاشين والكنّاسين والوقّادين والسقّايين ونحو ذلك، ووقفوا عليه أوقافاً جمّة يبلغ إيرادها نحو الألف جنيه». وفي بيان مدى الاهتمام بالمسجد الشريف، فيقول: «لمّا رأى أهمّية وازدحام الناس عليه وضيقه; لأنّ أرباب مظاهر الدين يسعون من كلّ فجّ على العربات والخيل والبغال والحمير، حتّى تزدحم أبوابه وطرقه، فيضرّ ذلك بالمارّة، خصوصاً في المواسم، ففتح بجواره سنة 1295 هـ (1878م) شارع السكة الجديدة حتى وصل إلى تلول البرقية». وكان علي مبارك هو الذي قام بعملية الرسم، إذ يقول: «وندبني لعمل ورسم للجامع يكون به وافياً بمقصده الحسن، فبذلت الهمّة في ذلك، وعملت له الرسم اللائق بعظم شأنه، بحيث لو وضع عليه لكان مبرّاً من العيوب، مع الاتّساع العظيم داخلاً وخارجاً، إذ جعلته منفصلاً من كلّ جهة عن المساكن بشوارع وميادين رحيبة، وجعلت شكله قائم الزوايا، وجعلت حدّه الأيمن بحذاء جدار القبّة الأيسر بالنسبة للمصلّي فيها، بحيث يكون الجداران واحداً، وحدّه الأيسر نهاية الحدّ الأيسر للصحن الذي به الحنفية الآن، ويصير هذا الصحن من ضمن الجامع، وحدّه