شيخاً للأزهر عام 1958م، والذي صادف تعينه فرحة، وأحدث استبشاراً لدى كل الراغبين في الإصلاح وصدر في عهده القانون رقم 103 لسنة 1961 بشأن إعادة تنظيم الأزهر والهيئات التي يشملها. إيران ومصر ودورهما في التقريب بين المذاهب الإسلامية لم يقصر الشيخ محمود شلتوت جهاده على إصلاح الأزهر فقط بل شغل نفسه بضروب مختلفة من الإصلاح كان من أبرزها جهاده المتواصل للتقريب بين المذاهب الإسلامية. فقد حضر إلى مصر حضرة صاحب السماحة الأستاذ محمد تقي القمي عالم الشيعة الإمامية بإيران والتقى بالشيخ محمود شلتوت، وبرزت حينذاك فكرة التقريب بين مذهب أهل السنة ومذهب الشيعة الإمامية وهما المذهبان الأساسيان في الإسلام، وذلك بدافع القضاء على أسباب الخلاف بين أصحاب العقيدة الواحدة.. وتألف ما يسمى (بجماعة التقريب بين المذاهب الإسلامية) في يناير 1947م برئاسة المصلح الكبير الوزير محمد علوية باشا وبتأييد الإمام شيخ الأزهر والإمام عبد المجيد سليم وجماعة كبار العلماء. وكانت جماعة التقريب ترى أن الشعوب الإسلامية أمة واحدة ربها واحد. ورسولها واحد. ودينها واحد. كما ترى أن القرآن والسنة المطهرة هما أساس الدين فبهما تقررت قواعده وإليهما يرجع المسلمون في كل شأن من شؤون الحياة. وكان من أبرز ما قامت به جماعة التقريب بين المذاهب الإسلامية حينذاك استنكارها لما صدر من هيئة الأمم المتحدة بتقسيم فلسطين. إذ على أثر صدور هذا القرار الجائر، عقدت جماعة التقريب بين المذاهب جلسة خاصة في مساء السبت 23 من المحرم سنة 1367 هـ ـ 6 من ديسمبر سنة 1947، أصدرت فيها هذا البيان ممهوراً بتوقيعات ممثلي الطوائف الإسلامية البالغ عددهم ثمانية عشر عالماً من كبار علماء المسلمين، وموجهاً إلى الشعوب الإسلامية. وقد أذاع هذا البيان على العالم الإسلامي بالراديو حضرة صاحب الأفضلية الأستاذ الكبير الشيخ عبد المجيد سليم وكيل جماعة التقريب ورئيس لجنة الفتوى بالأزهر. ونذكر هنا بعض ما جاء في البيان:
