وكان يؤمن بأن الاتفاق الفكري بين المسلمين هو الأصل ويحتاج إلى توجيه وإرشاد إلى سبيل الاتحاد ولذلك كان دائما يبين الأسباب المؤدية إلى الوحدة والمنافع التي تترتب عليها من العزة والقوة والمنعة للمسلمين وكان يدعو إلى محاربة العصبية المذهبية لإزالة العوائق والموانع أمام تحقيق الوحدة الإسلامية. وانطلاقا من هذا الفكر شارك الشيخ شلتوت من أول يوم في جماعة التقريب بين المذاهب الإسلامية من نشأتها، وكان من أوائل الرجال الذين نادوا بالتقريب بين المذاهب الإسلامية كلها التي لا تخالف أصلا من أصول الإسلام، وخاصة التقريب بين أهل السنة والشيعة لأن المسلمين جميعا ربهم واحد ودينهم واحد وكتابهم واحد وقبلتهم وأصول عقيدتهم وعبادتهم واحدة. ويقول الشيخ شلتوت في دعوته من أجل التوفيق بين المسلمين: «إن دعوة التقريب هي دعوة التوحيد والوحدة هي دعوة الإسلام والسلام وإن أسلوبها الذي تنهجه لهو الأسلوب الحكيم الذي أمر الله به رسوله الكريم في قوله تعالى: (أدع إلى سبيل ربك بالحكمة والموعظة الحسنة وجادلهم بالتي هي أحسن إن ربك هو أعلم بمن ضل عن سبيله وهو أعلم بالمهتدين). وإن المتقي له في مقام ابتغاء العلم هو ذلك الذي لا تأخذه عصبية ولا تسيطر عليه مذهبيه ولا ينظر يمينا أو شمالا دون قصده». ويقول أيضاً: «لقد آمنت بفكرة التقريب كمنهج قويم وأسهمت منذ أول يوم في جماعتها وفي وجوه نشاط دارها بأمور كثيرة كان منها تلك الفصول المتتابعة في تفسير القرآن الكريم التي ظلت تنشرها مجلة «رسالة الإسلام» قرابة أربعة عشر عاما حتى أكملت كتاباً سوياً، أعتقد أنه تضمن أعز أفكاري وأخلد آثاري، وأعظم ما أرجو به ثواب ربي، فإن خير ما يحتسبه المؤمن عند الله ما ينفقه من الجهد الخالص في خدمة كتاب الله. ولقد تهيأ لي بهذه الأوجه من النشاط العلمي أن أطل على العالم الإسلامي من نافذة مشرقة عاليه وأن أعرف كثيرا من الحقائق التي كانت تحول بين المسلمين واجتماع الكلمة وائتلاف القلوب على أخوة الإسلام. وبهذا تكون الفكرة التي آمنا بها وعملنا جاهدين في سبيل تحقيقها قد تركزت الآن