الفكر الإسلامي يتحدى فالعقائد، والتقاليد الشيعية التي أغنت الثقافة الإسلامية للشيعة، واستقلالية المؤسسة الدينية الشيعية عن السلطات الحاكمة، ودور المدن الشيعية كمراكز قيادية دينية وثقافية أساسية للشيعة في العالم، فضلاً عن دور المرجعية العليا، والدور الشخصي للمرجع الأعلى بالذات، قد مثلت عوامل رئيسية مهمة، ساهمت في ظهور الاتجاه الفكري - السياسي الإسلامي في المدن الشيعية أواخر القرن التاسع عشر. «حيث كانت النجف من بين المدن الشيعية الأخرى تمثل خلال الثلث الاخير من القرن التاسع عشر تواصلاً للازدهار الثقافي العلمي الديني، الذي ظهر منذ بداية ذلك القرن، وتواصلاً للانتصار في الجدل الخصب الذي دار طيلة نصف القرن الذي سبق هذه الحقبة بين الاخباريين والاصوليين، حيث انتصر فيه الاصوليون، فانها وبفعل تلك العوامل والمؤثرات برزت آنذاك كمركز ثقافي إسلامي، تصدّى علماؤها للثقافة والنظريات المادية الغربية، بالدراسة والنقد، فألفت عشرات الكتب حول ذلك باللغتين العربية والفارسية، منها نقد فلسفة داروين للشيخ آغا رضا الاصفهاني، ويذكر الأستاذ الوردي انه عندما وصلت أعداد «المقتطف» التي نشر فيها شبلي الشميل، مقالات متسلسلة في شرح نظرية داروين، انبرى له عدد من علماء النجف يردون عليها ويفندونها، وكان انشطهم في ذلك الشيخ رضا الطهراني والشيخ جواد البلاغي، فألفوا في ذلك كتباً ضخمة، حتى أن الاصفهاني، أرسل كتابه في نقد نظرية داروين إلى شبلي الشميل نفسه، ومما يجدر ذكره هنا، ان الشيخ البلاغي اشتهر في كتابة عدد من المؤلفات التي تدافع عن الإسلام، وتحذر