الثانية التي هي التفسير التوحيدي أو الموضوعي لا تخضع للشكل السابق فهي لا تلتزم البدء من أول آية في أول سورة، كما أنها لا تلتزم حالة التراتب بين الآيات، وإنّما «تحاول القيام بالدراسة القرآنية لموضوع من موضوعات الحياة العقائدية، أو الاجتماعية، أو الكونية فتبين وتبحث وتدرس مثلاً عقيدة التوحيد في القرآن أو تبحث عقيدة النبوة في القرآن، أو عن سنن التاريخ في القرآن، أو عن السماوات والأرض في القرآن الكريم وهكذا»(1). فقد تلجأ هذه الطريقة إلى ترتيب آخر للآيات غير ترتيب الطريقة الأولى لتجمع بين آية من سورة وأخرى من سورة أخرى خصوصاً مع عدم وجود وحدة موضوعية في السورة الواحدة إلاّ في سورة يوسف مثلاً، أو في بعض السور القصار. كما يمكن أن تكون هناك طريقة ثالثة تختلف من الناحية الشكلية، والترتيبية عن الطريقتين المتقدمتين، وهي ترتيب آيات القرآن الكريم، وسوره بحسب تواريخ النزول فتجعل على سبيل المثال سورة العلق في بداية المصحف، وتجعل آية إكمال الدين مثلاً (بناءً على أنها آخر آية نزلت) في آخر المصحف، بخاصة أن ترتيب السور ليس توقيفياً بحسب قول غير المشهور(2). فيكون الفرق بين الطريقة الثانية، وبين الطريقتين الأولى والثالثة في أنهما يسبق الترتيب فيهما التفسير فلا بد للمفسر بإحديهما أن يكون فارغاً من قضية ترتيب الآيات إنّ كان ابتداء بالفاتحة وانتهاء بالناس؛ فهو إنّ كان من العلق إلى آية الإكمال فكذلك، ثم يمارس عملية التفسير (3) بينما يكون الترتيب في الطريقة الثانية متزامناً مع عملية التفسير،