لأن المفسر الموضوعي في صدد اكتشاف النظرية القرآنية في موضوع معين، فهو يجول بين آيات القرآن من أولها إلى آخرها فكل آية يمكن أن يجد فيها جواباً على سؤاله، وحلاً لاشكالياته يؤلف بينها وبين الأخرى التي تتناسب من حيث موضوعها معها.ففي الوقت الذي يبحث فيه المفسر عن الحقيقة القرآنية تجاه مسألة من المسائل فهو يرتب الآية مع الآية ويؤلف بينها وبين أختها فتقترن عملية الترتيب تقريباً بعملية التفسير. ومن الطبيعي جداً أن النتائج ستختلف من طريقة إلى أخرى، ولكن مع ذلك فإنها تبقى طريقة في التفسير تحتاج إلى مصادر تفسيرية كاللغة مثلاً والسنة، والقرآن، والعقل، كما تحتاج إلى مناهج تفسيرية كالمنهج العلمي، أو الفلسفي، أو الرمزي، أو غير ذلك مما لابد للمفسر فيه. وربما توجد في بعض التعابير لفظة الاتجاه التوحيدي، أو المنهج (1)، ولكنها كاصطلاح ينبغي أن تسمى طريقة. وعندما نريد أن نسلط الضوء على آراء المذاهب المختلفة في طرق التفسير بما هي طرق بغض النظر عن أدواتها ومصادرها، ومناهجها، والنتائج التي توصل إليها، فلا نرى بحسب الظاهر أي اختلاف فيما بين المذاهب من هذه الجهة، فإن جميع المذاهب قد اعتمدت في تفاسيرها على الطريقة التجزيئية باختلاف اتجاهاتها وثقافاتها، كما أنها أيضاً اعتمدت على الطريقة التوحيدية في بعض تفاسيرها، ويتجلى ذلك بوضوح في آيات الأحكام، فلا شك بأنه نوع من التفسير الموضوعي، أو التوحيدي للقرآن الكريم استخدمه أكثر المذاهب الإسلاميّة إنّ لم تكن كلها في بيان آرائها الفقهية. نعم ربما يعترض على الطريقة الثالثة التي تعتمد ترتيب السور والآيات على أساس تاريخ النزول وذلك من خلال تبني التوقيفية في ترتيب السور والآيات، فلا تجوز