وظيفته العملية في ظرف الشك فقط. ومن هذا المنطلق بدأت تختمر عند علماء الأصول فكرة تفكيك الأصول عن الامارات والطرق، وفرز أحداهما عن الأخرى. وهذا التفكيك بين الامارات والأصول ظهر كما يبدو ولأول مرة على يد الوحيد البهبهاني قدس سره إلاّ أن الوحيد اقتصر فقط على التفكيك بينهما دون أن يجعل من هذا التفكيك أساساً لتغيير منهج الدراسات الأصولية، ودون أن يتناول بالبحث الآثار العلمية الكبرى لهذا التفكيك. أما الشيخ فقد جعل من التفكيك بين الامارات والأصول أساساً لمنهجه الحديث في علم الأصول وتناول الآثار والنتائج المترتبة على هذا التفكيك بشكل علمي وعميق وخرج نتيجة لذلك بتصورات وأفكار جديدة في علم الأصول. يقول الشيخ قدس سره في أول المقصد الثالث عن صاحب الفرائد وهو بحث(الشك): قال الشيخ في اول المقصد الثالث وهو بحث الشك من كتاب(فرائد الأصول): قد عرفت أن القطع حجة في نفسه لا بجعل جاعل، والظن يمكن أن يعتبر في الطرف المظنون لأنه كاشف عنه ظنا لكن العمل به والاعتماد عليه في الشرعيات موقوف على وقوع التعبد به شرعا وهو غير واقع إلاّ في الجملة. وقد ذكرنا موارد وقوعه في الأحكام الشرعية في الجزء الأول من هذا الكتاب وأما الشك فلما لم يكن فيه كشف أصلاً لم يعقل فيه أن يعتبر فلو ورد في مورده حكم شرعي كان يقول الواقعة المشكوك حكمها كذا كان حكما ظاهرياً لكونه مقابلاً للحكم الواقعي المشكوك بالفرض ويطلق عليه الواقعي الثانوي أيضاً لأنه حكم واقعي للواقعة المشكوك في حكمها وثانوي بالنسبة إلى ذلك الحكم المشكوك فيه لأن موضوع هذا الحكم الظاهري وهو الواقعة المشكوك في حكمها لا يتحقق إلاّ بعد تصور حكم نفس الواقعة والشك فيه. مثلاً(شرب التتن) في نفسه له