قد ذهب فكّه الأسفل، فشاع في الناس أنّه رأس محمد بن أبي بكر، وتنادر الناس، ونزلوا الجدار وموضعه قبلة المسجد القديم، كما حفر محراب مسجد زمام، وطلب الرأس منه فلم يُوجد، وحفرت أيضاً الزاوية الشرقية من هذا المسجد والمحراب القديم المجاور له، والزاوية الغربية، فلم يجدوا شيئاً، على أنّه مهما قيل في وجود رأس محمد بن أبي بكر في المحراب أو في جدار بيته، فإنّه من الثابت أنّ مشهده موجود في مكان المسجد المعروف باسمه بمصر القديمة الآن، فقد جاء في الكواكب السيارة:أنّ أكثر قبور أهل مصر فيها الاختلاف، ولم يكن بمصر أصحّ من قبر مسلمة بن مخلد، ومشهد محمد بن أبي بكر الصدّيق، ومشهد زين العابدين، ومشهد عفّان، كذلك الأسعد النسّابة في تاريخه (مشاهد الرؤوس)، وذكر من بينها مشهد رأس محمد بن أبي بكر. وقد أُعيد بناء المسجد في القرن التاسع الهجري سنة 830 هـ (1426م) في عهد السلطان الأشرف برسباي، على يدي المعزّ تاج الدين الشوكلي الشامي والي القاهرة، وأُقيمت فيه صلاة الجمعة وباقي الأوقات، وعمل فيه السماعات، وهو مكان مشهور بإجابة الدعاء عند أهل مصر. ثم جدِّد في العصر العثماني سنة 1287 هـ على يدي سعادة محمد باشا أمير، كما هو ثابت من اللوحة التي تعلو المدخل الرئيسي. ويعتبر المسجد من الجوامع المعلَّقة، إذ يصعد إليه بمجموعة من الدرجات، ويقع المدخل الرئيسي في الجهة الشمالية المواجهة لحائط القبلة، ويتكوّن من عقد كبير مرتفع ذي ثلاثة فصوص، مليء تجويفه بمجموعة من الدلايات المنحوتة في الحجر، والمسجد من الداخل مغطّىً كلّه، وفي الركن الشمالي الغربي منه توجد غرفة الضريح التي ترجع عمارتها إلى العصر المملوكي، وهي عبارة عن مربّع تحيط به أربعة عقود، وكانت تعلوها قبّة سقطت هي والجزء العلوي من المئذنة إثر زلزال