وكان ضريح السيدة سكينة قبل عهد الخديوي عباس الثاني منخفضاً عن سطح الأرض، فرفع الضريح إلى ما يقرب من مستوى سطح المسجد، وأُحيط بمقصورة من النحاس شبيهة بالموجودة في مشهد السيدة نفيسة رضي الله عنها.. كما جدّد الخديوي عباس ذلك الضريح ومسجد السيدة نفيسة، وما زالت تلك التجديدات موجودة إلى الآن، ثم قامت وزارة الأوقاف بآخر عمارة للمسجد وللضريح، على الشكل الذي نراه عليه الآن.