1ـ الفقه والأُصول، وكان حصيلة ذلك كتابه العلمي الفريد الذي كان ولازال محط أنظار العلماء والباحثين في الحوزات العلمية، وهو كتاب (مستمسك العروة الوثقى) وإلى جانبه كتابه في الأُصول (حقائق الأُصول). 2- وقد اعتمد في منهجه الفقهي على المنهج التقريبي في الفتيا، فكانت له فتاوى في الحج في إجزاء الحج بحكم الهلال للقاضي حتى لو كان مخالفاً، وكذلك فتوى إجزاء صلاة الجماعة مع أئمة الجماعة العامين.. وطهارة أهل الكتاب، وإجزاء دفع الزكاة للحكومات الإسلامية حتى لو كان الحاكم من غير أتباع أهل البيت عليهم السلام، وحلية الذبائح في سوق المسلمين حتى لو كانت قد جلبت من سوق أخرى مالم يعلم بعدم التذكية. الرابعة: ركّز الإمام الحكيم في عمله المرجعي: 1ـ على الطبقات الفقيرة والمستضعفة من أبناء الجاليات الإسلامية المختلفة وأقام العلاقات الوطيدة مع الأوساط العلمية والشعبية لأبناء المذاهب الأخرى. 2- اهتم بصورة خاصة بنشر الثقافة الإسلامية وتربية الكادر الإسلامي من خلال إنشاء المكتبات العامة للمطالعة وتأسيس المدارس النظامية الجديدة والكليات العلمية مثل كلية الفقه وكلية أصول الدين وإدخال الفقه والأُصول والتفسير المقارن لها، ورعاية التنظميات الإسلامية المنفتحة على جميع المذاهب الإسلامية دون فرق. الخامسة: تصدى الإمام الحكيم بصورة واسعة للعمل الاجتماعي والسياسي إلى جانب العمل العلمي والثقافي بحيث تميزت مرجعيته بهذه الصفة أيضاً. ولذا كانت له مشاركات واسعة في المؤتمرات الدولية الإسلامية ولاسيما ذات العلاقة بفلسطين وقضايا العالم الإسلامي. كما قام بتأسيس جماعة العلماء في النجف الأشرف وفي بغداد والكاظمية للقيام بالواجبات الاجتماعية والثقافية والسياسية العامة. كما قام في الوقت نفسه بالتصدي لمواجهة الغزو الثقافي والسياسي الذي شهده عالمنا الإسلامي بعد الحرب العالمية الثانية من خلال الأفكار والأطروحات السياسية كالشيوعية