أن يكون لجماعة كبار العلماء مكتب علمي دائم، وأن يكون لهذا المكتب مكان معين معروف شأن كل الهيئات الرسمية التي تعمل لأغراض خاصة. أما مهمة هذا المكتب بعد إنشائه فهي ما يأتي: * معرفة ما تهاجم به الأديان عامة والدين الإسلامي خاصة، والرد عليه رداً مقنعاً بأسلوب علمي ملائم لطريقة البحث الحديث. * وضع الأُصول الكفيلة بتمييز ما هو بدعة مما ليس ببدعة، والعمل على نشر ذلك ليرجع إليه الناس. * العمل على وضع مؤلف يحتوي على بيان ما في الكتب المتداولة من إسرائيليات دسّت على التفسير، وأخذها الناس على أنها من معاني القرآن الكريم، والتي لا يدل على صحتها نقل ولا يؤيدها عقل. * إصدار الفتاوى في الاستفتاءات التي ترد من المسلمين في جميع الأقطار إلى مشيخة جامع الأزهر. * بحث المعاملات التي جددت وتجد في العصر الحاضر، وبيان حكم الشريعة فيها حتى يظهر للناس سعة صدرها وقدرتها على تلبية حاجات الناس في مختلف العصور. * تنظيم طرق الوعظ والإرشاد، والإشراف على مجلة الأزهر. * التنقيب عن الكتب المفيدة في مختلف العلوم والعمل على أحيائها وإخراجها إخراجاً علمياً. أزعجت هذه المقترحات الكثرة من أعضاء جماعة كبار العلماء فتحدثوا بشأنه مع الإمام المراغي متعجبين من أن يكون أصغر الأعضاء سناً هو الذي يتولى المقترحات ويرسم الخطة لأصحاب الفضيلة أساتذته، ولكن الشيخ المراغي أوصى أن تؤلف لجنة لدراسة هذه المقترحات ثقة منه في الشيخ. وألفت اللجنة وكان أكثرها بالطبع ممن يعارضون مقترحات الشيخ شلتوت وانتهى الأمر إلى الركود والجمود .. ولكن الشيخ شلتوت لم ييأس من الطريقة وظلت هذه الأفكار تعيش بداخله يدعو لها في كل مكان، إذ يعز عليه أن يكون للأزهر هيئة من اكبر علمائه ثم لا تعمل شيئاً .. بل ويعز عليه أن تكون الأكثرية من علمائها بعيدين عن التأثير العلمي في محيط الأزهر وفي العالم الإسلامي على امتداد ربوعه، وأن يكون من غير علماء الأزهر من