تنفيذه والأخذ بما جاء فيه. وشاء الله أن يبعد الشيخ المراغي عن الأزهر مجبراً غير مختار، وبالطبع غضب الشيخ شلتوت لإبعاد شيخ الأزهر، وازداد غضبه، حين رأى أنّ من خلفه في مشيخة الأزهر يقف من آراء الشيخ المراغي الإصلاحية موقف المعارض مما دعا الشيخ شلتوت إلى أن يقود حملة صادقة للدعوة إلى إصلاح الأزهر، فأصدر شيخ الأزهر الجديد قراراً بفصله مع بعض زملائه ممن يؤمنون بفكره في الإصلاح وكان ذلك في 17 سبتمبر 1931م. ولم يسكت الشيخ، ولم تلن قناته، بل تابع نقده لسياسة الأزهر، ونشر أفكاره الإصلاحية في الصحف اليومية، والمجلات. وهكذا حورب الشيخ شلتوت في مصدر رزقه، فلم يحزن، واشتغل بالمحامات والبحوث العلمية، وفي أثناء هذه الفترة اختير خطيباً لمسجد الأمير محمد علي فقبل رغم ما في ذلك من مخاطر، واستطاع أن يؤدي رسالته من فوق المنبر وتزاحم الناس عليه والتفوا من حوله وكان المسجد خاصاً في مبنى سراي الأمير محمد علي بمنيل الروضة فأقنع الشيخ الأمير بفتح باب للمسجد يطل على الشارع حتى يتمكن جمهور المصلين من عامة الشعب من أداء الصلاة، والاستماع إلى خطبة الجمعة. وفي عام 1935م أعيد الشيخ شلتوت مكرماً للأزهر وعين وكيلاً لكلية الشريعة، فلم يصرفه العمل الإداري عن متابعة الدرس، وأصر على أن يقوم بتدريس مادة جديدة لم تكن مقرة من قبل هي مادة (الفقه المقارن) وحصر اتجاهه في المذاهب الأربعة لأنها المذاهب المقررة في الأزهر .. وكان لدراسة هذه المادة الجديدة بكلية الشريعة حينذاك أثر بالغ الأهمية في نفوس الدارسين لها، فقد عرفوا من خلالها أن آراء الأئمة يؤخذ منها ويرد، وأن الطالب المستنير ورث فقه الأئمة جميعاً، ولم يتجمد فقهه في زاوية خاصة. اختيار الشيخ شلتوت عضواً في مؤتمر (لاهاي بهولندا) وفي سنة 1937 عقد بأوروبا مؤتمر لاهاي الدولي بهولندا (للقانون المقارن) ودعي إليه الأزهر فوقع الاختيار على الشيخ محمود شلتوت ليكون ممثل الأزهر في هذا المؤتمر، ومثل وزارة العدل الشيخ عبد الرحمن حسن، ومثل جامعة فؤاد الأول الدكتور عبد الرازق السنهوري وكان عميداً لكلية الحقوق. و ألقى الشيخ شلتوت بحثاً هاماً تحت عنوان (المسؤولية المدنية والجنائية في الشريعة