5- تختص دائرة العلوم الطبيعية والتطبيقية بالآتي: أ- الفقهيات التي تنشأ من تنزيل العلوم على الواقع وآثار الثقافات المعاصرة على سلوك الناس. ب – فقهيات التداوي والتدبير الحضري والسكني وفقهيات التغذية واللباس إلى آخر ذلك. ج – تقويم الكشوف العلمية والحث على توظيف نتائجها لخدمة الإنسان وتسخير قوى الطبيعة واستنباط طاقاتها وترشيد استخداماتها لتحقيق مقاصد الشرع. د – تأصيل العلوم الكونية الأساسية وتبرئتها مما خالطها من رؤى إلحادية زائفة وفلسفات مادية بائدة. هـ – بحث التراث الإسلامي في مجال العلوم الكونية وإبراز إسهامات العلماء المسلمين وتطويرها. ما قبل المجمع سبق قيام المجمع نوع من الاجتهاد الجماعي تمثل في مجلس الإفتاء الشرعي وبلغت الموضوعات التي اصدر فيها فتوى أو ناقشها مائة وخمس وستين في مسائل جدولة الديون لحكومة السودان والفوائد المترتبة عليها وحكم التأمين التجاري ومسائل التلقيح الصناعي وزكاة المرتبات والأجور وزكاة الشركات المملوكة لحكومات أخرى ومسألة إنشاء مباني للزكاة من مصارفها... الخ([5]). بعد قيام المجمع نماذج من المسائل التي عرضت على المجمع([6]). تعددت الموضوعات التي ناقشها المجمع معروضة عليه من الجمهور أو ابتدارا من بعض أعضائه. ولقد تنوعت القضايا فمنها ماكان في الأمور المصرفية أي فقه المعاملات ومنها ما تعلق بالأهلة ومنها فتوى حول الفياجرا (عقار مشهور) ومنها مبلغ الدية المقررة في القتل الخطأ ومنها مسألة حول المسجد الأقصى والعمليات الاستشهادية... ومنها شرعية الذبح في المسالخ الحديثة.