استشهد بمؤتة من أرض الشام مقبلا غير مدبر مجاهدا للروم في حياة النبي صلى الله عليه وسلّم سنة ثمان ففي جمادى الأولى وكان أسن من علي بعشر سنين فاستوفى أربعين سنة وزاد عليها على الصحيح قال بن إسحاق حدثني يحيى بن عباد بن عبد الله بن الزبير عن أبيه حدثني أبي الذي أرضعني وكان أحد بني مرة بن عوف قال والله لكأني أنظر إلى جعفر بن أبي طالب يوم مؤتة اقتحم عن فرس له شقراء فعقرها ثم تقدم فقاتل حتى قتل أخرجه أبو داود من هذا الوجه وقال بن إسحاق هو أول من عقر في الإسلام وروى الطبراني من حديث نافع عن بن عمر قال كنت معهم في تلك الغزوة فالتمسنا جعفرا فوجدنا فيما أقبل من جسمه بضعا وتسعين بين طعنة ورمية قال النبي صلى الله عليه وسلّم رأيت جعفرا يطير في الجنة مع الملائكة روى ذلك الطبراني من حديث بن عباس وفي الطبراني أيضا من طريق سالم بن أبي الجعد قال أرى النبي صلى الله عليه وسلّم جعفرا ملكا ذا جناحين مضرجين بالدماء وذلك لأنه قاتل حتى قطعت يداه وفي الصحيح عن بن عمر أنه كان إذا سلم على عبد الله بن جعفر قال السلام عليك يا بن ذي الجناحين وروى الدارقطني في الغرائب لمالك بإسناد ضعيف عن مالك عن نافع عن بن عمر قال كنا مع رسول الله صلى الله عليه وسلّم فرفع رأسه إلى السماء فقال وعليكم السلام ورحمة الله وبركاته فقال الناس يا رسول الله ما كنت تصنع هذا قال مر بي جعفر بن أبي طالب في ملإ من الملائكة فسلم علي وفي الجزء الرابع من فوائد أبي سهل بن زياد القطان من طريق سعدان بن الوليد عن عطاء عن بن عباس بينما رسول الله صلى الله عليه وسلّم جالس وأسماء بنت عميس قريبة منه إذ قال يا أسماء هذا جعفر بن أبي طالب قد مر مع جبرائيل وميكائيل فردي عليه السلام الحديث وفيه فعوضه الله من يديه جناحين يطير بهما حيث شاء وقال بن إسحاق في المغازي حدثني عبد الرحمن بن القاسم عن أبيه عن عائشة قالت لما أتى وفاة جعفر عرفنا في وجه رسول الله صلى الله عليه وسلّم الحزن وقال حسان بن ثابت لما بلغه قتل عبد الله بن رواحة يرثي أهل مؤتة من قصيدة ... رأيت خيار المؤمنين تواردوا ... شعوب وقد خلفت ممن يؤخر ... فلا يبعدن الله قتلى تتابعوا ... بمؤنة منهم ذو الجناحين جعفر ... وزيد وعبد الله حين تتابعوا ... جميعا وأسباب المنية تخطر ويقول فيها ... وكنا نرى في جعفر من محمد ... وفاء وأمرا صارما حيث يؤمر ... فلا زال في الإسلام من آل هاشم ... دعائم عز لا تزول ومفخر