وعارضت الحركة الحكم العسكري بقيادة جعفر النميري عام 1969 لاتهامه باليسارية، ثم تصالحت معه عام 1977، فسمح لها بفتح البنوك الإسلامية وإنشاء الشركات، وتمكنت من العمل بين الطلاب، وظهر أثر نشاطها في نتائج انتخابات 1986، حيث جاء حزب «الجبهة الإسلامية القومية» في المرتبة الثالثة بعد الحزبين الكبيرين: حزب الأُمة، والحزب الاتحادي الديمقراطي. ووصلت «الجبهة الإسلامية القومية» إلى السلطة في20/6/1989 بانقلاب عسكري، ولازالت تحكم السودان حتى الآن، وهي الحركة الوحيدة في المنطقة التي وصلت إلى السطلة في فترة قياسية. وعرفت الساحة السودانية تنظيمات أخرى، لم تنتشر مثل «الجبهة الإسلامية القومية» من حركة التحرير الإسلامي التي أعلنت في آب 1952، وكانت متأثرة بمبادئ التحرر والاستقلال والمساواة، وتميزت بدعوتها إلى الاشتراكية، فتعرضت لنقد شديد من الآخرين. وظهرت حركة «الجمهوريين» الذين منهم محمود محمد طه (1909 - 1985) وألقي القبض عليه بتهمة مساندة «الاخوان المسلمين» وأُعدم بتهمة الردّة، وتبعثر أتباعه من بعده. وقد قال بالتدرج في بيان الرسالة المحمدية وقسم الآيات إلى مكية ومدنية، حيث تمثل كل واحدة منهما درجة وتشريعاً مختلفاً عن الأخرى. وهناك جماعة أنصار السنة المحمدية، وهي حركة سلفية وهابية، أصبح لها صوت مسموع في الإدارة والسلطة منذ عام1989 ([36]).