من الطبقة الثانية من التابعين بايعه كثيرون بالكوفة وطلبت منه الرافضة أن يتبرأ من الشيخين لينصروه فقال بل أتولاهما فقالوا إذا نرفضك .
فقال اذهبوا فأنتم الرافضة .
فسموا بذلك من حينئذ .
وكان جملة من بايعه خمسة عشر ألفا وعند مبايعتهم قال له بعض بني العباس يا ابن عم لا يغرنك هؤلاء من نفسك ففي أهل بيتك لك أتم العبر وفي خذلانهم إياهم كفاية .
ولما أبى إلا الخروج تقاعد عنه جماعة ممن بايعه وقالوا الإمام جعفر الصادق ابن أخيه الباقر فلم يبق معه إلا مائتا رجل وعشرون رجلا فجاء الحجاج بجموعه فهزم زيدا وأصابه سهم في جبهته فمات فدفن بأرض نهر وأجري الماء عليه ثم علم الحجاج به فنبشه ثم بعث برأسه وصلب جثته سنة إحدى أو اثنتين وعشرين ومائة واستمر مصلوبا حتى مات هشام بن عبد الملك وقام الوليد فدفنه وقيل بل كتب لعامله اعمد إلى عجل أهل العراق فحرقه ثم انسفه في اليم نسفا ففعل به ذلك .
ورؤي النبي مستندا إلى جذعه المصلوب عليه وهو يقول للناس هكذا تفعلون بولدي .
وروى غير واحد أنهم صلبوه مجردا فنسجت العنكبوت على عورته في يومه